Die interne Kontrolle ist eine unabhängige zweite Verteidigungslinie, die die beim internen Kontrollrahmen eingesetzte Methodik überwacht, Verbesserungsvorschläge vorlegt und dem leitenden Management der EIB über Kontrollrisiken berichtet. Die interne Kontrolle hat vor allem die Aufgabe, als gemeinsame Plattform zu fungieren, um die in der EIB bestehenden Kontrollrisiken zu beurteilen und darüber zu berichten. Außerdem trägt sie dazu bei, einen kohärenten und prozessgesteuerten internen Kontrollrahmen umzusetzen, der die wichtigsten Aktivitäten und Risiken abdeckt, mit denen die Bank konfrontiert ist.
Die interne Kontrolle ist auch laufend bestrebt, die in Verbindung mit dem internen Kontrollrahmen verwendete Methodik auf die geltenden internationalen Kontrollstandards sowie auf die in den EU-Bestimmungen genannten Beispiele für Good Governance im Bankensektor abzustimmen.
Durch ihre Aktivitäten trägt die interne Kontrolle dazu bei, die EIB-Mitarbeiter für interne Kontrollverfahren zu sensibilisieren, wodurch Risiko-und Kontrollüberlegungen in die Entscheidungsprozesse einfließen. Auch der Informationsaustausch zwischen den einzelnen Verteidigungslinien wird auf diese Weise gefördert. Dadurch können die gewonnenen Erfahrungen in den bestehenden internen Kontrollrahmen aufgenommen werden.