Le Mécanisme de traitement des plaintes est une division dirigée par Vasco Amaral Cunha. Elle se compose d’un chef de division adjoint, de plusieurs chargés du traitement des plaintes et de la médiation ainsi que d’assistants opérationnels et administratifs. Dotée d’un personnel issu de l’ensemble de l’Union européenne, l’équipe réunit des savoir-faire en matière d’enquête et des intérêts divers, concernant notamment les domaines de l’environnement, des droits humains, de la gouvernance et de la finance.