La Banque ne peut fixer un taux prêteur spécifique qu'après avoir effectué une instruction approfondie du projet. Les taux liés aux prêts varient également en fonction de certains éléments tels que les devises empruntées, le montant, la durée et le calendrier des décaissements.
Parallèlement aux taux d'intérêt fixes, la BEI propose également des taux révisables et convertibles, ce qui permet de modifier la formule de taux d'intérêt en cours de prêt, à des dates prédéterminées ou durant des périodes prédéfinies.