L'investissement dans l'enseignement supérieur et dans la recherche est un ingrédient clé pour la croissance de l'économie de la connaissance en Europe. Dans toute l'Union européenne, la BEI intervient pour aider à maintenir l'investissement dans les compétences. Elle appuie par exemple des programmes de prêts aux étudiants en Hongrie, la modernisation de laboratoires de recherche universitaire en Irlande, ou encore la création de centres de recherche en Espagne.

En Hongrie, la Banque a accordé un prêt de 100 millions d'EUR à l'organisme de prêt Diákhitel Központ pour aider les étudiants des deuxième et troisième cycles à financer leurs études. Au cours des dix dernières années, la BEI a accordé près de 500 millions d'EUR pour financer des prêts aux étudiants, permettant ainsi d'élargir l'accès à l'enseignement supérieur dans ce pays.

En Irlande, la BEI a contribué à financer la construction d’un nouvel institut de biosciences au Trinity College de Dublin. Outre la recherche pluridisciplinaire, cet institut aidera les entreprises à exploiter des idées nouvelles pour créer des produits susceptibles de rencontrer le succès commercial. Plus récemment, la Banque a prêté 90 millions d'EUR à l'University College de Dublin pour ses investissements en équipements d'enseignement, de recherche et de soutien aux étudiants.

En Espagne, la BEI a financé la construction, l'équipement et la mise en service de huit laboratoires de recherche publics de l'Instituto Madrileño de Estudios Avanzados (IMDEA), dans la capitale. Avec ce prêt de 80 millions d'EUR, la Banque visait à encourager la recherche scientifique et l'innovation, notamment dans leurs applications commerciales.