EIB ir četras struktūrvienības (minētas EIB statūtos).
Valde
Valde nosaka EIB darbības pamatprincipus.
Direktoru padome
Direktoru padome atbild par bankas stratēģisko vadību.
Vadības komiteja
Vadības komiteja atbild par EIB ikdienas darba vadību.
Revīzijas komiteja
Revīzijas komiteja pārbauda, vai bankas darbības ir veiktas pienācīgā veidā.