Oddělení odpovídá za posouzení a hodnocení relevance a účinnosti systémů vnitřní kontroly a postupů používaných při řízení rizik v rámci skupiny EIB. Za tímto účelem oddělení Vnitřní audit přezkoumává a testuje kontrolní mechanismy v kritických oblastech bankovnictví, informačních technologií a správy, a to střídavě a s využitím přístupu založeného na míře rizik.