Oddelenie je zodpovedné za kontrolu a posúdenie relevantnosti a účinnosti systémov vnútornej kontroly a postupov uplatňovaných pri riadení rizika v rámci skupiny EIB. Interný audit na tento účel rotačným spôsobom preskúmava a testuje kontroly v kľúčových oblastiach bankovníctva, informačných technológií a administratívy, pričom uplatňuje prístup založený na riziku.