EBI ma cztery organy statutowe (wymienione w Statucie EBI):
Rada Gubernatorów
Rada Gubernatorów określa ogólne wytyczne dotyczące działalności EBI.
Rada Dyrektorów
Rada Dyrektorów odpowiada za strategiczne zarządzanie Bankiem.
Komitet Zarządzający
Komitet Zarządzający odpowiada za bieżące zarządzanie EBI.
Komitet Kontroli i Audytu
Komitet Kontroli i Audytu weryfikuje prawidłowość operacji Banku.