Inspekcja generalna, działająca pod kierownictwem inspektor generalnej, łączy w sobie trzy niezależne funkcje związane z odpowiedzialnością: ocenę działalności Grupy EBI, dochodzenia w sprawie niedozwolonego postępowania oraz mechanizm rozpatrywania skarg. Ponadto inspektor generalna przewodniczy komitetowi rozpatrywania skarg w sprawie zamówień EBI.