Inspectoratul General grupează, sub autoritatea inspectorului general, trei funcții independente de responsabilitate: evaluarea activităților Grupului BEI, investigațiile privind conduita interzisă și mecanismul de tratare a plângerilor. În plus, inspectorul general prezidează Comitetul pentru plângeri privind achizițiile publice al BEI, care se ocupă de plângerile privind achizițiile publice.