Pankin eri osastot vastaavat:
- hankkeiden arvioinnista ja rahoituksesta;
- rahoitusvarojen hankinnasta pääomamarkkinoilta ja varainhallinnasta;
- EIP:n toiminnan riskien arvioinnista ja hallinnasta;
- talouteen ja rahoitukseen liittyvistä taustaselvityksistä.
Osastot toimivat monialaisina työryhminä, jotka valmistelevat ja toteuttavat pankin johdon päätökset.
EIP:n organisaatioon kuuluvat seuraavat osastot:
- Pääsihteeristö
- Lakiasioiden osasto
- EIP-ryhmän hallintopalvelut
- Henkilöstöosasto
- Rahoitustoimet-osasto
- EIP Global -osasto
- Rahoitussalkun hoito ja seuranta
- Rahoitus ja varainhoito -osasto
- Hankkeet-osasto
- EIP-ryhmän riski- ja compliance-osasto
- Hallinnon tarkastus
- Johtavan varainhoidon valvojan osasto
- Sisäinen tarkastus