Hallinnon tarkastus -osastoon kuuluu ylitarkastajan alaisuudessa kolme riippumatonta vastuullisuustoimintoa: EIP-ryhmän toiminnan arviointi, väärinkäytösten tutkinta ja valitusmekanismi. Lisäksi ylitarkastaja toimii puheenjohtajana EIP:n hankinnoista tehtyjä valituksia käsittelevässä valituskomiteassa.