A Főfelügyelet három független elszámoltathatósági funkciót csoportosít egybe a főfelügyelő felügyelete alatt: az EBB csoport tevékenységeinek értékelését, a tiltott magatartás kivizsgálását, valamint a panaszkezelési mechanizmust. Emellett a főfelügyelő az elnöke az EBB közbeszerzési panaszokkal foglalkozó közbeszerzési panaszbizottságának.