Generalinspektionen, under överinseende av generalinspektören, omfattar tre oberoende ansvarsfunktioner: utvärdering av EIB-gruppens verksamhet, utredningar av förbjudet beteende och klagomålsmekanismen. Generalinspektören är dessutom ordförande för EIB:s kommitté för upphandlingsklagomål som hanterar klagomål i samband med upphandling.