Generálny inšpektorát zoskupuje pod vedením generálneho inšpektora tri nezávislé funkcie zodpovednosti: hodnotenie činností skupiny EIB, vyšetrovania nedovoleného konania a mechanizmus na vybavovanie sťažností. Generálny inšpektor popritom predsedá výboru pre riešenie sťažností v oblasti obstarávania EIB, ktorý sa zaoberá podnetmi v oblasti obstarávania.